ARGUMENTO
La película comienza como acabó la anterior: Shao Kahn, al no poder conquistar la Tierra en el torneo a través de Shang Tsung y Goro, decide invadirla saltándose las normas de los dioses ancianos. Al comenzar la invasión, Shao Kahn mata a Johnny Cage y anuncia a Raiden que la fusión del Outworld con la Tierra se habrá completado en seis días. Tras escapar de los ninjas de Kahn, a los guerreros de la Tierra se les asigna una misión: Sonya debe encontrar a Jax, su compañero de las fuerzas especiales americanas; Liu Kang y Kitana han de buscar a Nightwolf, quien preparará a Liu Kang para el enfrentamiento con Kahn; mientras tanto, Raiden va al templo de los dioses ancianos para pedir explicaciones por su pasividad ante la invasión de Shao Kahn.
Sonya encuentra a su compañero Jax y juntos se enfrentan a Cyrax, batalla en la que derrotan al cyberninja. Por otra parte, el hermano menor de Sub-Zero ayuda a Liu Kang y Kitana a vencer a Smoke, el cual ha sido reprogramado por Kahn para destruirles. Tras vencer a Smoke, aparece Scorpion y se lleva a Kitana a través de un portal dimensional, tras lo cual es entregada a su padrastro, Shao Kahn. Los guerreros de la Tierra creen que Kahn ha podido entrar a la Tierra por medio de la resurrección de Sindel, pero en realidad ha sido obra de Shinnok, quien, engañando al resto de dioses ancianos, está aliado con Shao Kahn.
Es entonces cuando Liu Kang va en busca de Nightwolf para que le ayude en su entrenamiento. Al llegar a la meseta de Hopi, Nightwolf enseña a Liu Kang a dominar su parte animal.
Mientras tanto, Sonya se enfrenta a Mileena, a la cual confunde en un principio con Kitana (lo cual es curioso, ya que son distintas actrices); tras vencerla, Jax y Sonya siguen su camino hacia el panteón de los dioses ancianos. Liu Kang consigue liberar a Kitana en la fortaleza de Kahn, derrotando a Baraka y Sheeva.
Finalmente, Raiden consigue acceder a que los dioses ancianos le respondan acerca de la invasión. Pero tras ver la poca ayuda que le ofrecen, Raiden pierde su inmortalidad al hacerse humano para poder luchar junto a Liu Kang y compañía. En la batalla definitiva, Jax derrota a Motaro, Kitana a Sindel, Sonya a Ermac y Liu Kang a Shao Kahn. Shinnok es capturado por los dioses ancianos y la Tierra vuelve a la normalidad.
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